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解决方案：
针对USB2.0采集卡设计中的IO口复用问题，需要进行以下设置：

1. 在代码中使用USB_Interrupts_Config()、Set_USBClock()和USB_Init()这三个函数来配置USB。
2. USB_Interrupts_Config()函数用于设置USB唤醒中断和USB低优先级数据处理中断。
3. Set_USBClock()函数用于配置USB时钟，将主频72M分频得到48M的USB时钟（1.5分频）。
4. USB_Init()函数用于初始化USB，其中调用了Joystick_init函数，开启了USB部分的电源等。
5. 需要注意的是，USB配置并没有对PA11和PA12这两个IO口进行设置。一旦开启了USB电源（USB_CNTR的PDWN位清零），PA11和PA12将不再作为其他功能使用，仅供USB使用。因此，在开启了USB电源之后，无论如何配置这两个IO口都是无效的。
6. 如果需要获取对这两个IO口的配置权，需要关闭USB电源，即置位USB_CNTR的PDWN位。

此外，在USB的数据接收过程中，根据地址和端点来接收请求，并将接收的数据存放在缓冲区中。在STM32芯片中，有一个USB和CAN共享的专用缓冲区。具体的缓冲区描述表可以在USB_core.c文件的u8 Setup0_Process(void)函数中找到。

总结来说，USB2.0采集卡设计中的IO口复用问题可以通过以上的设置和配置来解决。在代码中正确配置USB，并注意USB电源的开启和关闭，以及合理使用缓冲区来接收和处理数据，可以实现所需的功能。

附件内容中有更详细的说明，建议新手耐心学习和理解，随着时间的推移，对USB的理解会逐渐加深。